L'Ente Parco persegue la realizzazione delle finalità indicate dalle leggi istitutive, attraverso la tutela delle caratteristiche ambientali e storiche del litorale Pisano e Lucchese, in funzione dell'uso sociale di tali valori, promuove la ricerca scientifica e la didattica naturalistica, nonché l'educazione e la formazione ambientale, e la valorizzazione delle attività economiche territoriali, con particolare riferimento all'esercizio delle funzioni delegate all'Ente Parco dalla Regione Toscana.

I progetti attivati e realizzati nel corso degli anni seguono le finalità della legge istitutiva, che definiscono in modo univoco gli obiettivi di tutela e di governo del territorio per questo territorio:

• la tutela e il recupero ambientale delle aree umide e delle fasce dunali;
• l'equilibrio ecologico dell'area;
• la salvaguardia, la qualificazione e il potenziamento delle attività agro-silvo-colturali in coerenza con la destinazione dell'area;
• la fruizione culturale e ricreativa dell'ambiente da parte dei cittadini.

A questi percorsi progettuali si affiancano quelli dedicati alla conservazione e riqualificazione degli ambiti naturalistici di aree di particolare rilevanza ambientale, quali zone umide e boschive appositamente tutelati e riconosciuti a livello europeo nell'ambito della Direttiva Habitat come i Siti di Importanza Comunitaria (SIC).