L'Ente Parco persegue la realizzazione delle finalità indicate dalle leggi istitutive, attraverso la tutela delle caratteristiche ambientali e storiche del litorale Pisano e Lucchese, in funzione dell'uso sociale di tali valori, promuove la ricerca scientifica e la didattica naturalistica, nonché l'educazione e la formazione ambientale, e la valorizzazione delle attività economiche territoriali, con particolare riferimento all'esercizio delle funzioni delegate all'Ente Parco dalla Regione Toscana.
I progetti attivati e realizzati nel corso degli anni seguono le finalità della legge istitutiva, che definiscono in modo univoco gli obiettivi di tutela e di governo del territorio per questo territorio:
A questi percorsi progettuali si affiancano quelli dedicati alla conservazione e riqualificazione degli ambiti naturalistici di aree di particolare rilevanza ambientale, quali zone umide e boschive appositamente tutelati e riconosciuti a livello europeo nell'ambito della Direttiva Habitat come i Siti di Importanza Comunitaria (SIC).